Eine umfangreiche Sammlung von modernem Faunenvergleichsmaterial zu haben, ist für die archäozoologische Forschung und Lehre unerlässlich. Die Sammlung in Tübingen ist eine der größten Sammlungen dieser Art in Europa. Sie umfasst fast 1500 Säugetierskelette, die von der Größe einer Maus bis zu den Dimensionen eines Elefanten reichen. Zusätzlich gibt es Skelette und Einzelknochen von etwa 800 Vögeln und 500 Fischen sowie Reptilien und Amphibien. Die Sammlung schließt autochthone Tierarten aus Europa, Afrika und der Arabischen Halbinsel mit ein. Hinzu kommen laufend neue Vergleichsobjekte, die das Institut von zoologischen Gärten und Jägern erhält. Zudem sind im Institut für Naturwissenschaftliche Archäologie (INA) mehr als einhundert Einzelkonvolute vorhanden, die vom Altpaläolithikum bis ins Mittelalter datieren.

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