Die Anatomische Sammlung I und II stehen in enger Verbindung miteinander.
Die Anatomische Sammlung ist so alt wie die Universität selbst. Durch eine große Zahl von Modellen sowie Feucht- und Knochenpräparaten, von denen manche aus dem frühen 19. Jahrhundert stammen, veranschaulicht sie die Entwicklung und den Bau des menschlichen Körpers. Die Sammlung ist an zwei benachbarten Standorten aufgebaut, von denen der größere, die "Neue Sammlung", den Studenten als Studierlokal zur Verfügung steht. Zweimal jährlich wird die Anatomische Sammlung im Rahmen der Ringvorlesung "Collegium Alexandrinum" der FAU einer interessierten Öffentlichkeit zugänglich gemacht.

Für wissenschaftliche Zwecke sind die Sammlungen nach Vereinbarung zugänglich.