Auch die Anatomische Sammlung II geht aus der früheren Anatomischen Sammlung hervor. Der Lehrstuhl II der Anatomie besitzt mehrere anatomische Teilsammlungen. Es gibt eine Sammlung menschlicher Skelette verschiedener Altersstufen, Skelette von nichthumanen Primaten, u.a. das eines afrikanischen Gorillas, sowie eine Sammlung mehrerer normaler menschlicher Embryonen und Feten unterschiedlichen Alters. Außerdem besitzt das Institut eine Sammlung von Modellen zur allgemeinen Embryonalentwicklung, Herzentwicklung, Schädelentwicklung und Entwicklung des Nervensystems (u.a. Ziegler-Modelle). Darüber hinaus existiert hier noch eine Gerätesammlung aus der Anfangszeit der Mikroskopie.

Für wissenschaftliche Zwecke nach Vereinbarung zugänglich