Die wissenschaftlichen Zoologischen Sammlungen setzen sich zusammen aus ca. 40.000 Wirbeltierpräparate und rund 500.000 Präparate von Wirbellosen Tieren. Enthalten sind u.a. etwa 900 Säugetier-, 3.300 Vogel-, 1.000 Reptilien- und Amphibienarten, 3.000 Insekten- und 24.000 Molluskenarten. Die Sammlungen befinden sich in einem Zentralen Depot der Universität Zürich . Ca. 1.600 Objekte sind in der Dauerausstellung des Naturhistorischen Museums zu betrachten.

Zu den wichtigsten Teilen der Zoologischen Sammlung gehören die Taufliegensammlung und die Moussonsammlung innerhalb der Molluskensammlung mit zahlreichen Typusexemplaren.