Es handelt sich um eine Präparate- und Demonstrationssammlung, die
hauptsächlich Ausbildungszwecken dient. Ein Großteil der Präparate befindet sich öffentlich im Erdgeschoss des Centrums für Anatomie. Sie spiegelt mit ihrer Vielzahl an Darstellungen der menschlichen Körperteile die Entwicklung der verschiedenen Präparationstechniken wieder. Die Sammlung beinhaltet Objekte aus der Mitte des 18. Jahrhunderts bis heute. Dazu zählen u.a. die Injektionspräparate des Magen-Darm-Traktes in sogenannten „Wundergläsern“ von Johann Nathanael Lieberkühn (1711 – 1756), die Trocken- und Injektionspräparate von J. G. Walter ( seit 2007 als Dauerleihgabe im Berliner Medizinhistorischen Museum), das Skelett eines der „Langen Kerls“ des Soldatenkönigs Friedrich Willhelm I . von 2,23 cm Höhe und ein männlicher Bronzetorso mit Darstellung der Muskulatur ( von K. Schütz, 1898). Weiterhin umfasst sie Korrosionspräparate und Metallausgüsse, zahlreiche anatomische Präparate in Gläsern, z.B. das Promotionspräparat (Darstellung der oberflächlichen Arterien des Kopfes) von Friedrich Schlemm (1795 – 1858), kunstvolle anatomische und embryologische Modelle aus Wachs, vergrößerte Gips- und Holzmodelle für die Vorlesung und Plastinate. Neben anatomisch-pathologischen und zoologischen Objekten bildet die vergleichende Anatomie der Wirbeltiere einen Schwerpunkt. In mehreren Räumlichkeiten befindet sich eine umfangreiche Schädelsammlung. Neben einer Anzahl von Totenmasken und Büsten bedeutender Persönlichkeiten gibt es noch eine Sammlung von ca. 400 medizinhistorischen Instrumenten.

Im Erdgeschoss des Waldeyer-Hauses (Centrum für Anatomie) frei zugänglich, Montag bis Freitag 8.00-18.00