Die Anatomische Sammlung in Jena blickt auf eine mehr als 200jährige Tradition zurück. Keimzelle ist das Herzoglich-Sächsische Kunst- und Naturalienkabinett, das im Jahre 1779 aus dem "rothen Schlosse" in Weimar in das Jenaer Stadtschloss verlegt wurde.
Heute befindet sich das Museum anatomicum Jenense in den historisch ältesten Räumen der Universität, dem Refektorium eines ehemaligen Dominikanerklosters. Es besteht aus einer musealen und einer zeitgenössischen Sammlung und stellt ein Sammelsurium medizinischer Präparierkunst dar. Im Mittelpunkt des musealen Teiles stehen die sog. Zwischenkiefer-Präparate. Sie erinnern an J.W. v. Goethe, der in Jena auf der Suche nach dem Zwischenkieferknochen des Menschen vergleichend anatomische Studien betrieb.
Von historischen bis hin zu modernsten medizinischen Erkenntnissen zeugen die Exponate der Anatomischen Sammlung, die von den Studierenden der Medizin und Zahnmedizin, von der medizinischen Fachöffentlichkeit sowie von Mitarbeitern und Gästen der Universität nach Voranmeldung besichtigt werden können.
An „Tagen der Offenen Tür“ (Museumsnacht, Lange Nacht der Wissenschaften) ist die Anatomische Sammlung auch für die allgemeine Öffentlichkeit geöffnet.

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