Die Medaillensammlung geht auf die Gründung der Universität zurück. Die ersten Medaillen wurden im Rektorat aufbewahrt, die später durch Schenkung, Kauf oder Tausch neu hinzu gekommenen Stücke wurden ebenfalls in den Verwahrschränken des Senatssaals (Sessionssaal) hinterlegt. Im 19. Jahrhundert übergab man sie der Münzsammlung des Archäologischen Museums und zu Beginn des 20. Jahrhunderts, am 14. Mai 1908, wechselten die Medaillen wieder in das Rektorat. Sie galten schließlich nach dem 1. Weltkrieg als verschollen. Anlässlich der Bausanierung des Hauptgebäudes der Universitätsbibliothek (1994–1999) wurden sie wiederentdeckt und am 27. Juli 1998 dem Universitätsarchiv übergeben. Dieser Altbestand ging 2003 in die seit 1979 angelegte neue Medaillensammlung der Zentralen Kustodie über. Die Sammlung umfasst über 200 Medaillen von 1694 bis 2016 und wird mit den Sammlungsschwerpunkten Universität und Wissenschaft beständig erweitert.