Ende des 19. Jahrhunderts wurde in Würzburg eine Sammlung pathologisch-anatomischer Präparate aufgebaut. Die Kataloge sowie Teile der Sammlung befinden sich im Bestand des Instituts und werden im großen Hörsaal und dessen Eingangsbereich in Vitrinen ausgestellt. Nur noch selten werden die Präparate in der Lehre eingesetzt.

Die Sammlung ist während des Semesters öffentlich zugänglich, in den Semesterferien erfogt die Besichtigung nur nach Absprache.