Im Besitz der Universität befindet sich eine historische Sammlung von etwa 900 physikalischen, astronomischen und geowissenschaftlichen Instrumenten und Apparaten des 18. bis 20. Jahrhunderts. Im wesentlichen repräsentiert der Bestand eine experimentalphysikalische Lehrsammlung des 19. Jahrhunderts. Die wissenschaftliche Betreuung reicht von der Inventarisierung, historischen Erforschung und Aufbereitung in Katalogform bis hin zur Konzeption und Durchführung von Ausstellungen. Diese Arbeiten wurden in Form von Projektseminaren regelmäßig in das Lehrangebot einbezogen. Das elektronische Bestandsverzeichnis ist Teil des digitalen Repertoriums des Universitätsarchivs; eine Internetpräsentation ist geplant.

Die Historische Instrumentensammlung geht auf eine Lehrmittelsammlung zurück, die im 19. Jahrhundert als Teil des Physikalischen Kabinetts des damaligen Regensburger Lyzeums angelegt wurde. Den Grundstock der Sammlung bildete das Physikalische Kabinett des Regensburger Klosters St. Emmeram mit Stücken, die bis ins 18. Jahrhundert zurückreichen. Bei dem Lyzeum handelte es sich um eine Schule, die zwischen Gymnasium und Universität angesiedelt war.