Das Institut für Geschichte der Medizin verfügt über umfangreiche historische Bestände medizinischer Instrumente und Objekte. Folgende historisch gewachsene Lehr- und Forschungssammlungen aus der Julius-Maximilians-Universität Würzburg werden wissenschaftlich bearbeitet und – ihrer Tradition folgend – wieder in der Lehre eingesetzt:

1. Chirurgische Instrumente, rund 800 vorwiegend aus dem des 19. Jahrhundert. Zu der Lehrsammlung gehören auch sieben gut erhaltene Osteotome unterschiedlichen Typs, die vor allem von Bernhard Heine (1800-1846) in Würzburg entwickelt und in den Würzburger Werkstätten Heine und Herrmann hergestellt worden sind. Die Sammlung wurde vermutlich im ausgehenden 18. Jahrhundert von Carl Caspar von Siebold (1736-1807) begründet. Wichtige Akteure des 19. Jahrhunderts waren Cajetan von Textor (1782-1860) und Ernst von Bergmann (1836-1907).

2. Geburtshilfliche Instrumente des 18. und 19. Jahrhunderts der Universitätsfrauenklinik Würzburg. Diese Sammlung hat das Institut im Frühjahr 2016 übernommen. In den 1940er Jahren wurde die Sammlung der Universitätsfrauenklinik in einem Museum im Dachgeschoss ausgestellt (336 Instrumente damals, 53 Wachsabformungen und eine Beckensammlung). Bis heute ist die Sammlung auf 600 Instrumente angewachsen, von den Wachsmoulagen sind nur wenige, von den Beckenknochen einige überliefert. Vor allem der Bestand an Geburtszangen aus dem 18. und 19. Jahrhundert ist groß und eine wichtige Quelle für die Medizingeschichte.

3. Aus dem Nachlass des Würzburger Professors für Dermatologie Karl Zieler (1874-1945) und Karl Hoedes (1897-1973), der Zieler 1939 auf dem Lehrstuhl nachfolgte, stammt eine Instrumentensammlung aus der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts.

4. Das Institut besitzt zudem eine Lehrsammlung historischer Glasplattendias aus der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts, Fachgebiete: Anatomie, Histologie, Anthropologie, Zoologie, Dermatologie und Gynäkologie.

5. Darüber hinaus befinden sich einzelne medizinische Instrumente und Apparaturen aus verschiedenen Fachgebieten im Besitz des Instituts, die noch erschlossen werden müssen.