Die „Sammlung Gärtner“ umfasst zwei wissenschaftliche Nachlässe. Sie kam als Schenkung von Emma Gärtner (1818–1875), der Tochter des Botanikers Carl Friedrich Gärtner (1772–1850), am 9. Januar 1860 an die Universität. Einerseits beinhaltet sie eine carpologische Collection von etwa 600 meist in Deckgläsern aufbewahrten Früchten und Samen, die in der Mehrzahl von Joseph Gärtner (1732–1791) stammen. Darunter befinden sich nicht wenige Typusexemplare, die noch heute als unersetzliche Belege der internationalen Forschung dienen. Ein anderer Teil der Sammlung geht auf Carl Friedrich Gärtner zurück: ein Konvolut, das Bastardpflanzen beinhaltet.

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