Das Universitätsherbarium (internationales Akronym WB) war vor 1980 eine Sammlung des Instituts für Botanik und Pharmazielogische Biologie mit Botanischem Garten und umfasste damals circa 15.000 Belege. Heute umfasst die Sammlung, die nunmehr zum Julius-von-Sachs-Institut für Biowissenschaften gehört, rund 100.000 Belege und ist im internationalen Vergleich eine kleine wissenschaftliche Sammlung. Darin erhalten sind die noch vorhandenen Teile des ehemaligen Herbariums (WBM) des Botanischen Instituts II der Universität.

Das Herbarium der Universität Würzburg enthält eine umfangreiche Sammlung zur Flora Unterfrankens und der angrenzenden Gebiete mit Belegen seit Mitte des 19. Jahrhunderts. Viele der Fundorte sind erloschen, etliche der enthaltenen Sippen sind inzwischen verschollen oder ausgestorben, vom Aussterben bedroht oder zumindest stark gefährdet. Das Würzburger Herbar bietet eine gute Übersicht über europäischer Pflanzen, sowie der Pflanzen der nordöstlichen und südöstlichen Randgebiete mit umfangreichen Sammlungsbeständen von Kryptogamen (Moose, Flechten, z.T. Algen). Im Bestand befinden sich auch Typus-Exemplare (Belegmaterial, das als Grundlage für die Erstbeschreibung von Arten diente) und Fundortbelege.