Der Kunstbesitz der Friedrich-Schiller-Universität Jena besteht aus rund 1.300 beweglichen und unbeweglichen Objekten, darunter eine Bildnisreihe von Jenaer Professoren, 280 Grafiken, 50 Plastiken, 200 Münzen und Medaillen sowie 160 kunsthandwerkliche Gegenstände. Die Porträtsammlung stellt neben den kostbaren Beständen der Universitätsbibliothek die älteste Sammlung der Universität dar. Neben den Werken der Bildnismalerei betreut die Kustodie ebenso eine umfangreiche druckgrafische Porträtsammlung der Jenaer Professoren, aber auch Bildnisse auf Medaillen und Gedenkplaketten sowie Porträtbüsten und Standbilder. Zu den herausragenden Kunstobjekten der Universität zählen u.a. ein Monumentalgemälde von Ferdinand Hodler (1853-1918) sowie die Bronzeplastik "Minerva" von Auguste Rodin (1840-1917). Außerdem betreut die 1971 gegründete Kustodie die Jenaer Universitätsinsignien, bestehend aus 140 Talaren, einer Rektorkette aus dem Jahr 1858 sowie zwei Szeptern von 1558.

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