Mit der Einrichtung des Lehrstuhls für Botanik 1973 übernahm die Universität Regensburg das seit 1790 (eigentliches Gründungsdatum 1804, laut "Index Herbariorum") aufgebaute Herbarium (internationales Akronym REG) der Regensburgischen Botanischen Gesellschaft und betreut es seither. Damit begann die enge Kooperation zwischen der privaten Gesellschaft und der Universität. Das Herbarium findet dabei Anwendung in Lehre und Forschung und ist im Besonderen auf den deutschsprachigen Raum spezialisiert. Neben der Krytogamensammlungen, d.h. Pilze, Flechten, Algen (insbesondere Diatomeen) sowie Moosen, befinden sich Pteridophyten- und Spermatophytenherbar in der Sammlung.

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