Grundlage der Arbeit des Brahms-Instituts ist die Quellensammlung, deren Profil weit über den Namenspatron hinaus reicht. Die Schwerpunkte konzentrieren sich neben Johannes Brahms (1833-1897) auf Robert (1810-1856) und Clara Schumann (1819-1896), Theodor Kirchner (1823-1903) und Joseph Joachim (1831-1907) sowie auf die heute weniger bekannten, ebenfalls mit Brahms befreundeten Interpreten und Komponisten Theodor Avé-Lallemant (1805-1890), Richard Barth (1850-1923), Carl Georg Peter Grädener (1812-1983), Hermann Grädener (1844-1929), Richard Heuberger (1850-1914) und Julius Spengel (1853-1936).

Die Sammlung dokumentiert einen wichtigen Teil der deutsch-österreichischen Musikgeschichte in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts, wobei der norddeutsche Raum mit dem Zentrum Hamburg besonders vertreten ist. Vor dem Hintergrund der musikästhetischen Diskussionen im 19. Jahrhundert ist in der Sammlung der Schumann-Brahms-Kreis ausführlich repräsentiert – jener Kreis, der in der publizistischen und propagandistischen Auseinandersetzung den Gegenpol zu den Wagnerianern und der "Neudeutschen Schule" um Franz Liszt darstellt.

Die Bestände umfassen in erster Linie Quellen musikalischer Werke: Handschriften, Stichvorlagen, Erst- und Frühdrucke. Hinzu kommen umfangreiche Briefschaften der genannten Künstler sowie Briefe von Freunden und Zeitgenossen. Der ikonografische Bestand an Fotos, Bildern und Zeichnungen, mit einem großen Teil der persönlichen Fotosammlung von Brahms, ist ein weiterer Schwerpunkt der Sammlung. Die Konvolute mit Programmzetteln zu wichtigen Ur-, Erst- und Folgeaufführungen bewahren zudem wichtige Dokumente der Rezeptionsgeschichte. Auch hier stammt ein großer Teil unmittelbar aus dem Nachlass von Johannes Brahms.