Das Herbarium umfasst ca. 80.000 Belege mit den Schwerpunkten Europa, Südamerika, Mittelamerika sowie eine Tropensammlung mit ca. 50.000 Exemplaren. Zudem sind 20.000 Kapseln, Moose und Flechten und 10.000 Bögen Phanerogamen, von denen 1.000 Belege von studentischen Exkursionen nach Süd- und Mitteleuropa stammen, gezählt. Darüber hinaus sind die Sammlung Weinland (frühes 19. Jahrhundert, besonders wertvoll durch viele Belege aus Papua Neuguinea) und das Herbarium Eggler (Biberach/ Riss) an das Ulmer Herbarium übergegangen.