Die Sammlungen des Herbarium Marburgense (internationales Akronym MB) besitzen nicht nur durch ihren botanischen Inhalt einen besonderen Wert, sondern sind auch vom wissenschaftshistorischen Standpunkt aus als Kostbarkeiten zu betrachten. Einzigartig ist die Sammlung in Alkohol eingelegter Trüffelpilze, angelegt von Rudolph Hesse und Grundlage für seine 1894 erschienenen “Hypogäen Deutschlands”, die unersetzliche Typusbelege enthält. Ebenfalls in Marburg lagern die Originalbelege zur "Mycotheca germanica", 1903 bis 1920 herausgegeben von dem bekannten deutschen Mykologen Hans Sydow, sowie die Belege von Gottlob Ludwig Rabenhorst (1806-1881) und Karl Wilhelm Krieger aus dem 19. Jahrhundert. Weniger wissenschaftlich bedeutsam, aber dafür von ästhetischem Reiz ist das Hespe'sche Moosherbar. Zu jedem der Moosexemplare gehört eine detaillierte Zeichnung mikroskopischer Merkmale. Sehr detailgenau ist die Sammlung von Tiergallen und Gallentieren aus dem Rheinland. Ebenfalls historisch interessant ist die Lehrsammlung des Herbarium Marburgense. Karl Ritter von Goebel (1855-1932) hat während seiner Zeit in Marburg von 1886 bis 1891 zahlreiche Alkoholpräparate angefertigt. Daneben finden sich Wachsmodelle, an denen unterschiedliche Samenmorphologien hergeleitet werden können, und Pilzmodelle unter Glas, die charakteristische Wuchsformen präsentieren. Die Sammlung wird durch mitgebrachte Belege von Forschungsreisen ständig erweitert.

von Soosten, 2004

Zur Zeit beherbergt das Herbarium Marburgense ca. 250.000 Belege Höherer Pflanzen (hpts. historische Belege aus der Region) sowie ca. 80.000 Kryptogamen-Belege (hpts. Moose, Flechten Pilze) aus aller Welt. (Stand Januar 2014)