Die Sammlung (internationales Akronym HEID) umfasst mehr als 250.000 Belege, darunter größtenteils Pflanzen aus Südamerika (v.a. aus den Anden) und Afrika (insbesondere Madagaskar, Kenia). Viele Bestandteile wurden durch regen Tauschverkehr mit amerikanischen und südafrikanischen Institutionen erworben. Der größere Teil der Sammlung umfasst historische Bestände, wie z.B. die wertvollen Sammlungen von H.G.L. Reichenbach (1793-1879), F. Hofmeister und das umfangreiche Herbarium Bauschianum. Letzteres enthält neben zehntausenden von Blütenpflanzenbelegen aus den Händen der bedeutendsten Sammler aus aller Welt, eine nicht weniger umfassende Kryptogamenkollektion, die zur Zeit als Dauerleihgabe in Karlsruhe bearbeitet wird. Alle afrikanischen Typusbelege sind mittlerweile digitalisiert und über API (African Plant Initiative) verfügbar.