Das Herbarium (internationales Akronym B), d.h. die Sammlung gepresster und getrockneter Pflanzen, bildet den größten und bedeutendsten Bestandteil der wissenschaftlichen Sammlungen der Forschungseinrichtung Botanisches Museum.

Museum, Herbarium und Bibliothek sind in einem gemeinsamen Gebäude an der Königin-Luise-Straße untergebracht, das zwischen 1903 und 1906 errichtet wurde. Neben den Blütenpflanzen umfasst das Herbarium Vertreter aller Pflanzengruppen, wie Algen, Pilze, Flechten, Moose und Farne. Da sich nicht alle Pflanzen bzw. deren Teile auf die gleiche Art präparieren lassen, wird das Herbarium durch verschiedene Sondersammlungen ergänzt. Dazu gehören u.a. die Frucht- und Samensammlung (große Trockenfrüchte und Samen), die Nasspräparatesammlung (z.B. große Blüten, fleischige Früchte, Knollen usw., die in Alkohol oder Formol konserviert sind) sowie die Zapfen- und Holzsammlung. Erwähnenswert ist außerdem die Sammlung pflanzlicher Überreste aus ägyptischen Gräbern, die von G. Schweinfurth nach Berlin gebracht worden sind.