Die Sammlung beherbergt heute rund 1.150 Präparate. In etwa die gleiche Anzahl ist aus Platzmangel in Asservatenräumen untergebracht.

Die topographische Lage der Sammlung beschreibt - aus heutiger Sicht unvorstellbar - um die Jahrhundertwende Friedrich Deich: „Eigentlich war ja Geheimrat Max Borst unser Lehrer in pathologischer Anatomie, aber von Zeit zu Zeit pilgerten wir vor die Tore der Stadt, um Siegfried Oberndorfer zu hören.“

Die ältesten Originale stammen aus dem Jahre 1884 bzw. von circa 1.500 v. Chr. (Mumienhand), die mit den Präparations- und Konservierungstechniken wie Mazeration, Feuchtpräparate, Aufhellungspräparate nach Spalteholz, Mumifikation, Trocknung, Korrosion, Injektion, Paraffinierung, Plastination und per Abguss hergestellt sind. Zudem befindet sich in der Sammlung Medizintechnik wie Herzschrittmacher, Pessare, Endoprothesen, Fixateure und Stents.

Sieben alte Wachsmoulagen sowie Holz- und Kartondrucke und Originale aus den historischen Sammlungen der Anatomie der Charité und dem Medizinhistorischen Museum der Charité Berlin, der Anatomie Marburg und aus der berühmten Meckl'schen Sammlung der Anatomie Halle sowie ein Originalbuch von Prof. Siegfried Oberndorfer aus dem Jahre 1922 finden sich ebenfalls in der Sammlung des Instituts.

Führungen nach Vereinbarung für medizinisches Fachpersonal oder dem Städtischen Klinikum München angehörigen Personen.
Für die Öffentlichkeit nur zu Sonderveranstaltungen (z.B. Tag des offenen Denkmals, Jubiläen etc.)