Die Sammlung umfasst zwei Teilbereiche: Anatomische Karten und Anatomische Modelle.

Die Sammlung umfasst 342 großformatige Karten mit Abbildungen zu allen Themen der Anatomie: Histologie, Embryologie, Neuroanatomie, Organe, Skelett- und Bewegungssystem, Topographische Anatomie. Sie dienten der Illustration der Anatomie-Vorlesung. Bis auf wenige Exemplare sind alle Karten von Graphikern aus der Medizinischen Akademie Magdeburg gezeichnet.

Mit Gründung des Instituts für Anatomie im Jahr 1960 wurden makroskopische Präparate und Modelle angeschafft. Seitdem haben die Präparatorinnen und Präparatoren im Institut die Sammlung ständig erweitert. Sie umfasst heute 1.000 Präparate vom Menschen und Modelle.