Das Institut verfügt über eine Sammlung historischer und moderner anatomischer Präparate zu allen Organsystemen, zum Bewegungsapparat sowie zur Embryologie des Menschen. Darunter befinden sich Ausgusspräparate zum Gefäßsystem des Menschen, hergestellt von Prof. Dr. Carl Friedrich Quittenbaum (1793-1852) (ab 1823), eine umfangreiche historische Schädelsammlung, angelegt von Prof. Friedrich Merkel (1845-1919) (1871), mit Exponaten aus der Region, Europa, Asien, Afrika und Südamerika, ergänzt durch Abgüsse aus dem Museum Blumenthal in Göttingen, eine Sammlung Ziegler'sche Wachsmodelle zur embryonalen Entwicklung und zur Entwicklung von Herz und Gehirn, eine Skelettsammlung und Trocken-, sowie Feuchtpräparate ab dem 20. Jahrhundert zu allen Organsystemen und der Zahnentwicklung.
Die Sammlung ist nach Organsystemen gegliedert.
Insgesamt umfasst die Anatomische Sammlung etwa 4.000 Exponate.

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