Das Ernst-Haeckel-Haus war Wohnsitz und Arbeitsstätte des Biologen und Evolutionsforschers Ernst Haeckel (1834-1919). Mit der Professur für Geschichte und Philosophie der Naturwissenschaften, Museum und Archiv ist es heute eine Einrichtung der Fakultät Biowissenschaften der Friedrich-Schiller-Universität in Jena.

Die Sammlungen umfasst ca. 40.000 Briefe, 400 Manuskripte und Notizhefte und etwa 1.500 Fotografien. Bewahrt wird auch der künstlerische Nachlass Ernst Haeckels, darunter 800 Aquarelle und 20 Gemälde. Ergänzt wird die Sammlung durch Gegenstände aus seinem Privatbesitz. Einige Räume sind historisch erhalten, wie etwas das Arbeitszimmer, und geben einen Einblick in die wissenschaftliche Atmosphäre um 1900.

Führung werden regelmäßig auf der Webseite bekannt gegeben.