Immer schon hat Eckehard Kiem an der Musikhochschule Freiburg wichtige Funktionen in der akademischen Selbstverwaltung übernommen. Er war lange Jahre hindurch Fachgruppensprecher sowie Mitglied des Senates und von 2008 an bis zu seinem Tod amtierender Hochschulrat.

In den letzten zehn Jahren hat Eckehard Kiem sich thematisch immer mehr auf zwei historische Bereiche konzentriert: auf die Musik der Renaissance und auf die Hoch- und Spätromantik. Wie sehr er sich im Laufe der Zeit dabei neuen Inhalten geöffnet hat, wie breit hier seine Kenntnisse und sein Repertoire geworden sind, bewies schon seine Keynote anlässlich des EUROMAC in Freiburg 2007 über Satzmodelle bei Jacobus Vaet.

Seine Arbeiten zu Josquin hingegen blieben unveröffentlicht, wie auch seine frühen Studien zu Schönbergs op. 23 von 1975. Sein großes Projekt für die Zeit nach der Pensionierung, eine umfassende Studie über das Werk Anton Weberns, konnte er nicht mehr verwirklichen. Als ihn am 29. Dezember 2012 der Tod überraschte, arbeitete er gerade an einem Text für Musik & Ästhetik – über Tschaikowskys Symphonien.