Die frühsten Bestände der Afrika-Sammlung reichen in die Kolonialzeit zurück; sie wurden während der zweiten Hälfte des 19. und zu Beginn des 20. Jahrhunderts gesammelt. Der Erwerb von Objekten aus dieser Zeit erfolgte für Göttingen aber überwiegend später, nämlich erst in der Wirkungszeit des Ethnologen Hans Plischke (1890-1972). Durch seine intensiven Kontakte zu musealen Einrichtungen und seine enge Verbindung zu dem Ethnographica-Sammler Arthur Speyer (1894-1958) wurden zwischen 1928 und 1959 im Zuge von Kauf- und Tausch-Transaktionen wertvolle Skulpturen aus Afrika erworben. Dazu zählen figürliche Werke aus dem Kongogebiet und Masken der Makonde aus Tansania. Nach dem Zweiten Weltkrieg entwickelte sich Afrika neben Ozeanien allmählich zu einem bedeutenden Forschungsschwerpunkt am Institut für Ethnologie. Während des letzten halben Jahrhunderts sind im Rahmen mehrerer ethnologischer Feldforschungen namenhafte Sammlungen systematisch für Göttingen zusammengestellt worden. Darunter zählen unter anderem Kulturdarstellungen von Ethnien in Tschad, Sudan, Niger, Mauretanien und Äthiopien. Mit heute insgesamt 4.800 Objekten zählt die Afrika-Sammlung neben der Amerika-Sammlung zu den beiden umfassendsten Beständen.