Die Sammlung des Franz Joseph Dölger-Instituts umfasst 175 Objekte aus der Spätantike und dem frühen Mittelalter. Sie wurden vor allem in den 1960er- und 1970er-Jahren vom Institutsgrüner Theodor Klauser erworben (zu erwähnen ist Ankauf des Nachlasses von Alfons Maria Schneider), zudem kamen Objekte über Schenkungen in die Sammlung. Die Sammlungsobjekte können über ein digitales Sammlungsverzeichnis recherchiert werden, Texte über die meisten Objekte wurden im "Jahrbuch für Antike und Christentum" publiziert.

Die Sammlungsbestände könne nach Anmeldung besichtigt werden.