Das Institut für Musikwissenschaft verfügt über mehrere musikalische und musikgeschichtliche Teilsammlungen.

Dazu gehört neben dem umfangreichen Musikalienbestand, der Teil der Institutsbibliothek ist und alte und seltene Drucke aus dem 18. und 19. Jahrhundert enthält, eine Sammlung von Aufführungsmaterialien, die im Rahmen der musikpraktischen Aktivitäten am Institut über Jahrzehnte entstanden ist.

Ein weiteres Gebiet der Institutsbestände setzt sich aus Instrumenten zusammen, die einerseits Gegenstand der musikwissenschaftlichen Lehre und der forschenden Praxis sind, andererseits aber auch hohen musealen Wert besitzen. So bewahrt das Institut für Musikwissenschaft einen Hammerflügel aus der Wiener Werkstatt von Nannette Streicher aus dem Jahr 1827 auf. Mit seiner “oberschlägigen” Mechanik, die die Hämmer von oben auf die Saiten prallen lässt, statt sie wie bei einem modernen Instrument von unten anzuschlagen, gehört der Flügel zu einer überaus seltenen Bauart. Neben dem Flügel, der immer wieder für Konzerte genutzt wird und bereits für Einspielungen von Werken seiner Entstehungszeit (Schubert, Beethoven) genutzt wurde, enthält die Sammlung vor allem Nachbauten von historischen Blasinstrumenten, darunter einen Basspommer (der frühneuzeitliche Vorläufer des Fagotts), einen Tenorzink und eine Diskantgambe.