In der 1905 gegründeten Kaiserlichen Biologischen Anstalt für Land- und Forstwirtshaft – Vorgängereinrichtung: die 1898 gegründete Biologische Abteilung für Land- und Forstwirtschaft des Kaiserlichen Gesundheitsamtes – entstand der Großteil der Phytopathologischen Sammlung in den Jahren zwischen 1900 und 1940.

Aus Platzmangel wurde die Sammlung in den 1980er Jahren von der damaligen Biologischen Bundesanstalt an das Land Berlin abgegeben. An welche Institution die Sammlung von hier aus weitergegeben wurde, ist ab diesem Zeitpunkt nicht mehr rekonstruierbar. Recherchen über ihren Verbleib durch die Dienststelle Informationszentrum und Bibliothek des JKI blieben ergebnislos. Glücklicherweise fand die Sammlung 2012 über das Stadtmuseum Berlin, welches die Sammlung in der Zwischenzeit übernommen und katalogisiert hatte, wieder den Weg zurück in das nunmehr neu entstandene Julius Kühn-Institut.

Die Sammlung besteht aus ca. 2.300 phytopathologischen Nass- und Trockenpräparaten aus der Kaiserlich Biologischen Reichsanstalt mit pilzlichen, tierischen und anderen Schädigungen an Kulturpflanzen. Die meisten Präparate sind Pflanzen mit deren Krankheiten, die in mit Formaldehyd gefüllten Standgläsern konserviert wurden.
Durch diese Konservierung haben sich die Farben und Schädigungen bis heute sehr gut erhalten. Zusätzlich befinden sich einige Schau- und Demonstrationskästen im Bestand.