Den Kern der verschiedenen Sammlungen am Institut für Organismische und Molekulare Evolutionsbiologie machen in Alkohol eingelegte Pflanzenproben aus (derzeit ca. 3.000 Stück), die vielfach auf Forschungsreisen oder Geländegängen zusammengetragen wurden. Dieser Sammlungsteil geht auf die Sammlung von Prof. Dr. Regine Claßen-Bockhoff zurück, die diese bereits an ihren vorherigen Wirkungsstätten ab 1985 angelegt hatte. Sie wurde seit 1998 am Standort Mainz kontinuierlich erweitert. Weiter besteht eine Trockensammlung von Früchten, Samen und anderen Pflanzenteilen für die Lehre.

Neben den aktuell in Lehre und Forschung eingebundenen Sammlungen existiert ein historischer Bestand von Pflanzenpräparaten in Alkohol, der die botanische Forschung an der JGU seit deren Neugründung 1946 widerspiegelt. Exemplarische Präparate werden zu dokumentarischen Zwecken aufbewahrt. Weiter sind über hundert Lehrtafeln mit teils handgefertigten und -colorierten Pflanzenzeichnungen vorhanden, die bis vor einigen Jahren in den Vorlesungen verwendet wurden. Außerdem eine fast komplette Aufsammlung der pollensammelnden Wildbienen des Botanischen Gartens, die in den 1980er-Jahren angelegt und bestimmt wurde. Hinzu kommen rasterelektronenmikroskopische (REM) Präparate von verschiedenen Familien der Blütenpflanzen.

Der Wert der Sammlung liegt in der Bereitstellung von (seltenem) Pflanzenmaterial. Doktoranden, Postdocs und Studierende nutzen sie für ihre Forschungsarbeiten, Dozenten für die Lehre. Viele Proben werden als Belege der erarbeiteten Forschungsergebnisse aufbewahrt. Insbesondere das Ineinandergreifen der Alkoholsammlung mit der Lebendsammlung des Botanischen Gartens und der Trockensammlung im Herbarium ist von großer Bedeutung. So gibt es eine Spezialsammlung zur Gattung Salvia (Salbei) mit Alkoholpräparaten und Silikaproben für molekulare Analysen, die mit einer entsprechenden Lebendsammlung des Botanischen Gartens und Belegen im Herbarium korrespondiert. Über 150 Arten, vor allem aus Europa, Mexiko, Kalifornien und Südafrika werden so dokumentiert. Ebenso sind die südafrikanischen Bruniaceae und die afrikanischen Vertreter (Gabun) der Marantaceae fast komplett von ihren natürlichen Standorten in mindestens zwei Sammlungen vorhanden, so dass vergleichende Untersuchungen möglich sind.

Die zu den Botanischen Sammlungen gehörende Sammlung von Wilhelm Troll, Begründer des Botanischen Gartens, umfasst wissenschaftliche Zeichnungen, Glasdias und Fotos sowie Manuskripte und Alkoholpräparate, die die Entwicklungsgeschichte des Botanischen Gartens belegen.