Die Sammlung ist zusammen mit dem Herbarium Haussknecht und dem Botanischen Garten ein wichtiger Bestandteil für die Etablierung sowie den Ausbau der Systematischen Botanik und der Evolutionsforschung an der Universität Jena, wobei die Paläobotanik in die phylogenetische Forschung einbezogen werden soll. Trotzdem befindet sich die paläobotanische Sammlung des Instituts mittlerweile als Dauerleihe im Reichsmuseum Stockholm, wo sie auch vollständig erfasst wurde.

Die hauptsächlich in der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts zusammengetragenen Stücke der ursprünglichen Institutssammlung (ca. 2.000 Fundstücke) stammen vorwiegend aus dem Rotliegenden des Thüringer Waldes (Manebach, Friedrichroda) sowie aus karbonischen Schichten der Gegend um Chemnitz, dem Keuper bei Bedheim und aus dem Zechstein des mitteldeutschen Gebietes.

Zu den 2.411 Objekten der Sammlung von Hans Joachim Schweitzer gehören wertvolle Fossilien von Spitzbergen, der Bäreninsel, aus dem Iran und Afghanistan sowie aus Deutschland und verschiedenen anderen Regionen. Schwerpunkte liegen hier im Bereich des Devon (Rheinisches Unterdevon, Unter-/Mitteldevon von Spitzbergen, Oberdevon Bäreninsel), des Zechstein (Rheinland) sowie der rhäto-liassischen Schichten des Iran und Afghanistans. Die Sammlung Schweitzer ist von weltweiter Bedeutung und einmalig in ihrer Zusammensetzung.

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