Die Sammlung umfasst einzelne Objekte aus der Lehrsammlung des ehemaligen Seminars für christliche Archäologie und Kunst gegründet 1849, die neben zahlreichen Originalen vor allem aus Bildbeständen, Modellen und Gipsabgüssen bestand. Die meisten Objekte sind im 2. Weltkrieg verlorengegangen.

Heute existiert beispielsweise noch eine Sammlung von rund 5000 Glasplattendias, darunter die ca. 250 Ausgrabungsfotos einer jüdischen Katakombe in Rom von Nikolaus Müller (1857–1912). Von Anbeginn gehörte eine Bibliothek zum Museum. Ein Bestand von 5050 Bänden befindet sich heute in der Zweigbibliothek Theologie. Eine kleinere Bestandsgruppe von rund 800 Bänden befindet sich im Bodemuseum, die wahrscheinlich auf Grund akuter Raumnot in den 1970er und 1980er Jahren an die dortige Frühchristlich-byzantinische Sammlungen gegeben wurde.

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